Leczenie AZS obejmuje regularne wizyty u lekarza. Chory jest edukowany na temat tego, co na co dzień może szkodzić jego skórze, oraz instruowany jak skórę pielęgnować. W większości oprócz zabiegów pielęgnacyjnych stosuje się leczenie farmakologiczne miejscowe. Powszechne jest używanie maści z glikokortykosteroidami – o działaniu przeciwalergicznym, przeciwzapalnym oraz przeciwświądowym. Niestety – specyfiki te mogą powodować niepożądane skutki uboczne, a wśród nich: zanikowe zmiany skóry, rozstępy, oraz efekty ogólnoustrojowe. Dlatego terapię zazwyczaj rozpoczyna się od stosowania słabszych preparatów i to w krótkim okresie. Glikokortykosteroidy są raczej niewskazane dla małych dzieci.
Innym sposobem leczenia AZS za pomocą maści są tzw. „mokre zawijania” z wykorzystaniem bawełnianych opatrunków i rurowych bandaży. Metoda ta niesie za sobą większe ryzyko działań niepożądanych – ponieważ aplikowane preparaty są mocniej wchłaniane.
Miejscowo można będzie wkrótce stosować także inny rodzaj leków przeciwzapalnych – inhibitory karcyneuryny. Obecnie jednak nie wiadomo, czy są do końca bezpieczne dla organizmów dzieci (zwłaszcza przy długotrwałej terapii). Częste zaostrzenia choroby, oraz skłonność do zakażeń skóry sprawiają, że często trzeba stosować leki przeciwdrobnoustrojowe. Antyseptyki miejscowe są dość bezpieczne. Można je łączyć z emolientami i glikokoerykosteroidami. AZS można również leczyć ogólnoustrojowo. Wtedy podaje się glikokortykosteroidy doustnie (niezalecane u dzieci). Jeżeli choroba ma ciężki przebieg – wówczas wdraża się leczenie immunosupresyjne. Niestety ma ono niekorzystny wpływ na nerki, jednak łagodzi ciężkie zaostrzenia choroby. Przy AZS może dojść do zakażeń bakteryjnych. Wtedy podaje się antybiotyki. Leki przeciwhistaminowe natomiast są aplikowane ze względu na działanie sedatywne, przeciwzapalne, oraz zmniejszające uczucie świądu. Dodatkowo dzięki nim ustępowanie zmian skórnych przebiega szybciej. .
Inną metodą leczenia atopowego zapalenia skóry jest światłoterapia – często wybierana przez dorosłych. Metoda ta jest połączeniem doustnego podawania preparatów fotouczulających z naświetlaniami. Ma korzystne działanie, ale musi odbywać się pod nadzorem lekarza.
Wraz z rozwojem wiedzy na temat AZS wprowadzono nową metodę – immunoterapię. Może ona zmienić przebieg choroby, zapobiega rozwojowi uczulenia na nowe alergeny i może zapobiec rozwojowi astmy u chorych na alergiczny nieżyt nosa. Ponadto ogranicza rozwój objawów AZS ze strony całego organizmu, nie tylko zamian lokalnych. Terapię polega na wielokrotnie powtarzanych wstrzyknięć podskórnych. Na razie nie prowadzi się jej u pacjentów przed 5 rokiem życia. Immunoterapia jest skuteczna ,jeśli stosuje się ją co najmniej 3 lata – należy też pamiętać, że nie przy każdym alergenie działanie jest takie samo.